Essa mensagem ocorre quando o tomador do frete for inscrito na receita federal como transportador e o tipo do serviço for diferente de redespacho ou subcontratação.
Acesse o conhecimento de transporte (CT-e) que está emitindo e clique em editar CT-e () para editar. Dentro do CT-e na aba Geral, selecione para o campo tipo do serviço a opção subcontratação ou redespacho.
Na dúvida, verifique o tipo de serviço diretamente com a contabilidade.